Pero justo después de conseguir ese histórico subcampeonato de liga se produce un cisma con el Ayuntamiento. La llegada a Valencia del equipo de baloncesto de Godella de la mano de Francisco Ros García aparta al Vijusa como segundo equipo en uso del Pabellón de la Fuente de San Luis tras el todopoderoso Pamesa. Juan Carlos entiende que existe una discriminación, no la entiende y deja la presidencia como señal de protesta. Sigue colaborando, poniendo dinero pero ya no es la cabeza visible de ese proyecto. Pese a todo ello, el titulo de Copa de 2002 es la siguiente gran satisfacción pero es la ultima de unos años donde los problemas comienzan a colapsar el buen ritmo de crecimiento que había encadenado el equipo. La temporada 2003-04 es el punto final a esta etapa. Se vuelve a la división de plata y se acumulan los problemas. Deudas e impagos ahogan a un conjunto que acaba jugando con gente de la casa y juveniles. Juan Carlos desde la grada sufre como el que más y decide que es hora de no tirar la toalla sino de buscar soluciones. El no puede con todo pero si puede mover hilos, trazar una estrategia, convencer a personas con ilusión y recursos como le convencieron a él.