Juan levanta la copa de Campeón de la Copa EHF con el Avidesa Alzira

A nivel de clubes Juan Francisco levanta la Copa EHF de la temporada 1993-94 con el Avidesa Alzira, que se impone en la final al Linde Linz por 44-41, y conquista dos Copas del Rey, pero le queda la pena de no lograr ningún título internacional con la selección española. Su fama de artillero adorna su trayectoria profesional, hasta el punto de que en las temporadas 1990-91 y 1991-92, con la preparación y disputa de los Juegos Olímpicos de Barcelona, Alemany promedia la friolera de más de 200 goles de media por campaña. Pero todo principio tiene un final y, al día siguiente de colgar las zapatillas, Juan Francisco se convierte en representante de jugadores para la empresa Interpro, pero no puede evitar seguir jugando todavía al balonmano con amigos, y mantiene vivo el gusanillo de un deporte en el que su nombre aún está escrito en letras de oro.